Η εντερική μικροχλωρίδα είναι μια πολύπλοκη κοινότητα μικροοργανισμών που κατοικούν στον πεπτικό σωλήνα. Έχει μελετηθεί εκτενώς και θεωρείται σημαντικός παράγοντας για πολλές πτυχές της ανθρώπινης φυσιολογίας.

Η εντερική μικροχλωρίδα συμμετέχει στη διαδικασία της πέψης και στην αξιοποίηση των θρεπτικών συστατικών.

Η σύνθεση της μικροχλωρίδας έχει συσχετιστεί με τη λειτουργία του εντέρου.

Υπάρχουν ενδείξεις ότι η εντερική μικροχλωρίδα παίζει ρόλο στην επικοινωνία με άλλα συστήματα του σώματος.

Η ποικιλία της μικροχλωρίδας θεωρείται σημαντική για τη διατήρηση της εντερικής οικολογίας.